佛教传入崂山地区，已有1700多年的历史。崂山之佛教始于魏晋，盛于隋唐，明代又迭起高潮，清代后期渐衰。崂山的崇佛寺(俗称荆沟院)建于魏元帝景元五年(公元264年)，原位于今城阳区惜福镇院后村南，这是崂山最古老的寺院，应视为佛教在崂山的发端。
东晋义熙八年(公元412年)，到印度等地求经的僧人法显泛海返国，遇飓风漂泊到不其县崂山南岸栲栳岛一带登陆，当时不其县为长广郡的郡治，笃信佛教的太守李嶷听说法显是到西方取经的名僧，便将法显接到不其城内，讲经说法，并在其登岸之处创建了石佛寺(即潮海院)。从此，佛教在崂山声名大振，广为传播。嗣后，崂山相继建起了石竹庵(后改名慧炬院)和狮莲院(俗称城阳寺)，北魏时法海寺的创建，标志着崂山佛教已初具规模。
隋、唐两代，佛道并重，隋代重建即墨县于今址后，狮莲院、荆沟院和慧炬院等著名寺院得以重修，规模更加宏伟，香火日渐旺盛。唐代，僧人普丰由四川峨嵋山来到崂山，在今王哥庄镇大桥村东修建了大悲阁，内祀大悲观世音菩萨，后改称峡口庙，其后又在铁骑山东修了一座分院，名为林花庵，又在峡口庙东2.5公里的东台村建了另一座分院，名为普济寺。崂山巨峰之南还建有白云庵。
宋、元两代，佛道两教一直和睦相处。万历十一年(1583年)明代四大高僧之一的憨山和尚来到崂山，于万历十三年起在崂山太清宫三清殿前耗巨资修建了气势恢宏的海印寺，后因与太清宫道士发生纠纷，进士出身的道人耿义兰进京告御状，这就是崂山直达朝廷的“僧道之争”，万历二十八年(1600年)朝廷降旨毁寺复宫，德清(即憨山和尚)以“私创寺院”的罪名被远戍雷州。宏伟雅整的海印寺，因皇帝御批“毁寺复宫”而夷为平地，香火几绝的太清宫，得官资重修而气势隆重。
今崂山太清宫三清殿前山门外有海印寺遗址及仆碑一座留存。海印寺遗址仅有巨大的石柱、石梁堆砌，一片修竹，郁郁葱葱，掩映中有一石碑，镌刻“海印寺遗址”，另刻有一行小字：“明万历十三年憨山大师建海印寺于宫前，二十八年降旨毁寺复宫。”碑周围的一片广阔之地，便是当年海印寺的旧址。横卧地面的石柱，长约2米，径为0.5米，雕工精细，卯榫规矩，足证当时该寺建筑之宏伟。
这场“僧道之争”官司，在崂山地区留下了深远的影响。当时崂山佛教虽遭此打击，但并未一蹶不振，桂峰、自华及慈沾等著名僧人仍在崂山进行了许多佛事活动，加之当地乡宦士绅的支持，崂山的佛教仍有所发展。
憨山德清(1546～1623年)，字澄印，号憨山，俗姓蔡，安徽全椒古蔡人。明朝佛教出家众，为临济宗门下。复兴禅宗，被认为是明末四大高僧之一。 9岁时，被其母送于寺中读书，幼多宿慧，入目能诵。12岁时，祝发于金陵长干寺(即南京报恩寺)，出家为僧后即潜心研读佛经及经诗子集。至17岁时，已学有所成。自26岁起行脚远游，先后到过庐山、吉安、青原等地。在五台时，见一山伟岸清逸，心甚爱之，当地人称此山名“憨山”，乃取此为号，世称憨山和尚。
万历五年(1577年)，憨山在北京，是年正值笃信佛教的慈圣皇太后选僧诵经，憨山亦在入选之列。诵经同时，憨山还写了一部《大方广佛华严经》，太后闻知，特赐金纸，书成之后，憨山便离开北京去五台山。憨山在五台山致力于研习唐代高僧澄观的华严思想，深慕其为人与学识，因而自字“澄印”。
慈圣宣文明肃皇太后，孝定太后李氏（1546年－1614年），北直隶漷县（今北京通州）人，明穆宗妃嫔，明神宗万历皇帝生母。十五岁进入裕王府，为裕王朱载坖生第三子朱翊钧，进而由都人升为侧妃。裕王登基后被封贵妃。万历元年（1573年），朱翊钧即位，是为明神宗，尊李氏为慈圣皇太后。万历四十二年二月崩，上尊谥曰孝定贞纯钦仁端肃弼天祚圣皇后。
万历八年(1580年)推行张居正“一条鞭法”时，官府定五台山寺院岁贡皇粮五百石，憨山为此事致书朝廷，请求蠲免，后果然允准。万历九年(1581年)，慈圣太后派人到五台山为万历皇帝求嗣，将一切佛事交由憨山办理。万历十一年(1583年)四月，憨山和尚从《华严经》上看到有关那罗延窟的记载，为寻访那罗延，从五台山来到崂山。初居今华严寺之西的那罗延窟，因此处不可居，遂于该年夏季卜居太清宫处，于树下掩片席为居，历7个月，当地人张大心结庐使其安居。
那罗延窟位于那罗延山的北坡，是一处天然的花岗岩石洞，四面石壁光滑如削，地面平整如刮。石壁上方凸出一方薄石，形状极似佛龛。洞顶部有一浑圆而光滑的洞孔直通天空，白天阳光透入洞内，洞中十分明亮。
据说这个洞原来没有孔，那罗延佛在成佛前带着徒弟在此洞修炼，当他修炼成佛后，凭着巨大的法力将洞顶冲开一个圆孔升天而去，才留下这么个通天的圆洞。在梵语中，“那罗延”是“金刚坚牢”的意思。由于此窟由花岗构成，与梵文的那罗延名实相符，因此僧侣们称此窟为“世界第二大窟”。
憨山在崂山的处境为慈圣太后所知，于是便“赐金三千为建庵资”。憨山并未用此金筑一座独处己身的庙宇，因此时崂山地区正值灾年，饿殍满地，民不聊生，于是他便散金赈民，救民于倒悬之中。果然，当地百姓感激不尽，太后闻知也大悦。
憨山和尚初来崂山时兴致勃勃，“一见形胜，诚为大观”。久之，乃感“真人一去，山色如灰，中之贫民樵采，云山殆尽，藏修之士，百无一人，处处琳宫，皆为荆棘”。本欲“长辑山灵而去”，另择风水宝地安居。他原来想在那罗延窟旁建寺，后因地域限制，不宜扩展，更觉得建筑材料运输、施工等多方面都有困难，后来发现了崂山中一佳地，即今太清宫处。用憨山和尚的话说:“观其形势，背负鳌山，面吞沧海，中藏一庵，屋庐虽毁，基址犹存。”憨山便产生了在此建一宏伟寺院的想法。
当时太清宫的景况，许多资料有记述。胶州进士赵任撰写的《明万历重建太清宫碑》中记道:“岁久邱墟，草烟花露矣，而三官庙仅存其半。”另据即墨进士黄宗昌撰写的《崂山志》记载:“下清宫旧道院也，倾圮甚，羽流窜亡，一、二香火守废基，苦无籍。”即墨文人蓝恒矩的《吊海印寺故址赋》中也写道:“那罗延窟苦不可居，太清宫日就倾覆，星散黄冠，雨吹破屋。”由此看来，那时的太清宫已残破败落，很不景气。
在困顿贫苦的境况下，太清宫的道士们愿“举地售之”。憨山闻讯后，急忙赴京，通过其结识的太监，将此事奏明太后，慈圣太后“命后眷各出布施，修寺安供。”并亲自赐额曰“海印寺”，另外还敕颁《大藏经》一部。为了建造这座海印寺，慈圣太后前后所赐帑金以数十万计，万历十六年(1588年)海印寺建成，佛宇僧寮之宏，规模气势之伟，可与五台、普陀诸名刹相媲美。
太清宫三官殿西厢墙外和现代捐款功德碑之间不足半米宽的夹缝里有一巨石碑，紧贴厢房墙面横立，长235公分，宽98公分，厚30公分，重达两吨，此碑为《御制圣母印施佛藏经跋碑》，记载了万历皇帝母亲慈圣太后笃信佛教、并刊印《佛藏经》并赐海印寺、各级官员立石记载之事宜，是憨山海印寺遗物，久不为人知，历代史志资料均无记载，当为首次发现。后此碑移入青岛市博物馆。
太清宫道士对憨山和尚之讼控，始自万历十七年(1589年)。据一些资料记载，其起因是“耿义兰有饣告见逆”。耿义兰原为高密人，进士出身，后出家为道，曾在崂山慈光洞和黄石宫静修。憨山在修建海印寺时，还将太清宫中已破旧的三官庙加以修葺，安置留居太清宫的诸道士。耿义兰亦居于此，他亲眼见太清宫众道人不能守基业，反而“举地以售”，落了个寄人篱下，羞怒之下，“为鸣鸠逐鹊计”，遂讼于公堂。
万历十七年，耿义兰首告憨山于山东巡抚衙门，巡抚将此案交莱州府审理，耿义兰之状告非但不准，反而受到笞刑，其他道人如贾性全、连演书、张复仁、谭虚一、刘真湖等又数次上告，仍均未被获准，反以诬告被治罪，耿义兰越发恼怒，乃指宫门詈曰:“予将效秦庭七日哭而覆尔也!”万历二十三年(1595年)秋，耿义兰来京都上告憨山，并住在京西白云观。白云观是北京最大的道教庙观，亦有道教天下第一丛林之称，为北方全真道的中心。此时白云观住持王常月，恰与万历皇帝的宠妃郑贵妃交往甚厚，通过王常月和郑贵妃将耿义兰的控疏呈给了万历皇帝。
万历与其母慈圣太后因权力矛盾，早有“帝后之争”，对僧道两教，万历皇帝本无偏好，但随与其母矛盾的加深，逐渐“恶佛事太烦”。于是万历皇帝在耿义兰的《控憨山疏》上御批为:“既屡控，巡抚理宜亲审具奏，何叠批有司，党援妖僧害道殃民，是何情弊?仰刑部将经书官员并一干人犯提审。”
万历二十三年(1595年)，下谕逮憨山进京问罪。在耿义兰的控疏中，状告憨山有如下数罪:交通内侍;私冒皇亲;诈称敕旨;结党谋逆;霸占道产;殴毙人命;涂炭百姓;结交官府;私囤粮草等。结过三推六问，苦刑严讯，“坐以私创寺院”论罪，将憨山和尚充军发配到广东雷州。
万历二十八年(1600年)，朝廷降旨“毁寺复宫”，使前后费时四年、耗资巨万的海印寺毁于一旦，敕颁《藏经》不能毁坏，全部移放崂山慧炬院。又拨巨资将太清宫复建告成，此时之太清宫，身价徒增，声名大震，朝廷敕颁《道藏》四百八十函，以镇名山，并由即墨县令“躬诣察勘得地一顷二十七亩有奇”，作为供奉《道藏》的土地。
被充军发配后的憨山和尚，在雷州凄苦生活了将近20年。万历三十四年(1606年)皇长孙朱由校(即后来的熹宗)生，天下大赦，憨山虽已年逾花甲，但神宗独不赦还。直到万历四十二年(1614年)四月，慈圣太后死后，憨山才获赦放还。这时憨山和尚已近古稀之年，他重新穿起了僧服，诣京谢恩后，漫游江浙、两湖一带，并结庵庐山五乳峰下，专修净业。居四年，又回到广东曲江县东南50里的曹溪宝林寺，潜心著述。
天启三年(1623年)焚香趺坐而逝，世寿七十八，僧腊五十九，諡号“弘觉禅师”，后人为他立塔于南华寺天子岗。崇祯十三年（1640），弟子们将遗骸漆布升座，安放塔院，即今广东曹溪南华寺内供奉的憨山肉身像。
今青岛市南区湛山寺三圣殿前悬挂有赵朴初先生题写的“海印遗风”金字匾额，格外醒目，了解崂山海印寺“僧道之争”这段历史的人一看便知，匾额是为纪念明代憨山大师所题。
